年末調整の進め方｜小さな事業が年内に確認すること

当サイトはアフィリエイト広告を利用しています。

従業員を一人でも雇っていると、年末が近づくころに年末調整という作業が発生します。毎月の給与から天引きしている源泉徴収税額と、実際に納めるべき税額を、年末にまとめて一致させる手続きです。初めて担当する人にとっては、何を誰から集め、どこまで自分で計算し、どこから専門家や外部に頼るのかが分かりにくい作業でもあります。

この記事では、年末調整を「書類を集める」「計算につなげる」「自社か外注かを決める」という段階に分けて、小さな事業が年内に確認しておきたいことを整理します。具体的な控除額や税額の計算方法には触れませんので、個別の判断が必要な部分は税務署や税理士など専門家に確認しながら進めてください。

年末調整とは何をする作業か

年末調整は、毎月の給与から天引きしている源泉徴収税額の合計と、その年に本来納めるべき所得税額とのずれを、年末にまとめて精算する手続きです。扶養親族の状況や保険料の支払いなど、個人ごとの控除の内容を年に一度反映させる作業でもあります。

毎月の源泉徴収と、年末調整で何が違うか

毎月の給与計算では、扶養親族の人数などをもとにした概算の税額を天引きしています。しかし実際の年間所得や控除の内容が確定するのは年末になってからです。生命保険料控除や住宅ローン控除など、月々の給与計算には反映しきれない項目をまとめて反映させ、過不足を精算するのが年末調整の役割です。

対象になる従業員、対象にならない人

年末調整の対象になるのは、原則としてその年の年末時点で在籍している従業員です。年の途中で退職した人や、給与の額が一定の基準を超える人、複数の勤務先から給与を受け取っている人など、対象外になったり本人が確定申告で対応したりするケースもあります。従業員ごとの対象・対象外の判断に迷う場合は、税務署や税理士に確認しておくと安心です。

いつまでに何を終わらせるか、大まかな流れ

年末調整は、従業員から書類を集める段階、集めた内容をもとに計算する段階、計算結果を年内の給与や賞与に反映させる段階という順番で進みます。年をまたいでからでは間に合わない作業もあるため、いつまでに何を終わらせる必要があるかは、早い時期に社内で共有しておくと、直前になって慌てずに済みます。

従業員から集める書類

年末調整の作業のうち、もっとも時間がかかりやすいのが従業員からの書類の回収です。書類の種類が複数にわたるうえ、証明書の取り寄せに時間がかかる場合もあります。

扶養控除等申告書で確認すること

扶養控除等申告書は、扶養している家族の状況を確認するための書類です。結婚や出産、家族の就職や独立などで扶養の状況が変わっている場合、記載を更新してもらう必要があります。前年の内容をそのまま流用せず、変更がないかを毎年確認する声かけをしておくと、記載漏れを防げます。

保険料控除申告書と証明書の集め方

生命保険料控除や地震保険料控除を受けるには、保険会社から送られてくる控除証明書の原本またはデータが必要です。証明書は保険会社ごとに届く時期が異なり、紛失すると再発行に時間がかかることもあります。従業員には、届いたらすぐに手元で保管してもらうよう早めに案内しておくと、締め切り直前の紛失騒ぎを減らせます。

住宅ローン控除がある人の書類

住宅ローン控除を受けている従業員のうち、2年目以降の人は年末調整の中で控除を受けられますが、必要な証明書（住宅借入金等特別控除証明書と、金融機関からの残高証明書）を提出してもらう必要があります。初年度の人は原則として自分で確定申告をする必要があるため、対象になるかどうかを事前に伝えておくと混乱を防げます。

集めた情報を計算につなげる

書類が揃ったら、内容を給与計算のしくみに反映させて、実際の税額の計算につなげます。ここで入力のミスや漏れがあると、精算の結果に直接影響します。

給与計算ソフトへの入力・連携

集めた書類の内容は、給与計算ソフトに入力するか、対応した様式であればデータとして取り込みます。手入力が多いほど転記ミスが起きやすくなるため、入力後は別の担当者が確認する、あるいは前年の内容と比較して大きな差がないかを見る、といった二重チェックの仕組みを用意しておくと安心です。

勤怠データとの整合を確認する

年末調整の計算のもとになるのは、その年に支払った給与の総額です。毎月の勤怠データと給与の支払い実績にずれがないかを、年末調整の作業に入る前に確認しておくと、あとから数字が合わない事態を避けられます。勤怠と給与のつながりについては勤怠・給与ツールの選び方の記事で扱っています。

中途入社・退職者がいる場合の扱い

年の途中で入社した従業員については、前職の源泉徴収票を提出してもらい、前職分の給与も合算して計算する必要があります。年の途中で退職した従業員がいる場合は、その人の年末調整は原則として発生せず、退職時に源泉徴収票を発行する対応になります。人の出入りがあった年は、通常より確認する項目が増える点を見込んでおきます。

自社で行うか、外部に依頼するか

年末調整は自社の担当者だけで完結させることもできますが、従業員数が増えてくると、会計事務所や給与計算代行サービスに一部または全部を依頼する選択肢も出てきます。

自社で完結させる場合に必要な体制

自社で年末調整まで行う場合は、書類の回収から計算、年明けの法定調書の作成までを担当する人と時間を確保しておく必要があります。担当者が一人しかいない体制だと、繁忙期に他の業務が止まってしまうこともあるため、少なくとも内容を引き継げる人をもう一人育てておくと、急な休みにも対応しやすくなります。

会計事務所・給与計算代行に依頼する場合の準備

依頼する場合も、従業員から書類を集める作業自体は自社で行うことが多く、集めた書類やデータをどの形式で渡すかを事前にすり合わせておく必要があります。依頼先が求める提出期限は、自社の想定より早いことがあるため、社内での回収の締め切りは余裕をもって設定しておきます。給与計算を外注するかどうかの考え方は給与計算を外注するかの記事にまとめています。

依頼するときに確認する範囲と費用の考え方

年末調整の代行を依頼する場合、通常の給与計算とは別料金になっているサービスもあります。対象人数や、法定調書の作成まで範囲に含まれるかどうかで費用が変わることもあるため、見積もりを取る段階で年末調整分が含まれているかを確認しておきます。料金を年間の総額で比べる考え方はツールの料金の比べ方の記事で扱っています。

よくある抜け漏れとその防ぎ方

年末調整では、毎年同じような理由で書類の抜け漏れが発生します。あらかじめ想定しておくと、直前になって慌てる場面を減らせます。

提出書類の未回収・記入漏れ

従業員への案内が一度きりだと、忙しさに紛れて提出を忘れられてしまうことがあります。提出期限の少し前にリマインドを送る、未提出の人を一覧で把握できるようにしておく、といった仕組みを用意しておくと、回収漏れに気づきやすくなります。

控除証明書の紛失・再発行

保険料控除証明書は、届いてすぐに手元へ保管してもらわないと紛失しやすい書類です。再発行には日数がかかることが多いため、紛失に気づいた時点ですぐに保険会社へ連絡してもらうよう、案内の段階で伝えておくと、締め切りまでに間に合わないという事態を避けやすくなります。

前職分の源泉徴収票の扱い

年の途中で入社した従業員が前職の源泉徴収票を提出しないまま年末調整の期限が来てしまうこともあります。前職の発行が遅れている場合は、提出が間に合わなければ本人が確定申告で対応する流れになる旨を、早めに伝えておくと双方の認識のずれを防げます。

年内から年明けにかけてのスケジュール

年末調整は年内の作業だけで終わらず、年明けにも提出が必要な書類が続きます。年をまたぐ作業であることを踏まえて、スケジュールを組んでおきます。

年内に済ませておくこと

従業員からの書類回収、計算、過不足額の給与や賞与への反映までは、年内に済ませておきたい作業です。特に最後の給与支払いに間に合わせる必要がある場合は、逆算していつまでに計算を終える必要があるかを、早い段階で確認しておきます。

年明けの法定調書・源泉徴収票の交付

年が明けてからは、税務署や市区町村へ提出する法定調書の作成と、従業員一人ひとりへの源泉徴収票の交付が続きます。年末調整の計算が終わった時点で作業がすべて完了するわけではない点を、担当者間で共有しておくと、年明け以降の抜け漏れを防げます。

翌年に向けて改善しておきたいこと

今年つまずいた点は、来年も同じように起きやすい傾向があります。書類の回収が遅れた従業員、証明書を紛失しやすかった項目などを簡単にメモしておき、翌年の案内の出し方や締め切りの設定に反映させると、少しずつ作業がスムーズになっていきます。青色申告の準備を年内に進めたい個人事業主の方は青色申告の準備の記事も、従業員を新しく採用する予定がある場合はスタッフを採用するときに整えるものの記事もあわせて確認しておくと、年末年始の事務作業の全体像がつかみやすくなります。

従業員の個人番号や控除証明書など、機微な個人情報を扱う作業でもあるため、保管や共有の方法は顧客データの守り方の記事で扱っている考え方もあわせて見直しておくと安心です。当サイトの記事の作り方は編集ポリシーで、運営者情報は運営者情報のページでご確認いただけます。

よくある質問（FAQ）

• 年末調整はすべての従業員が対象になりますか。

  原則として年末時点で在籍している従業員が対象ですが、給与額が一定の基準を超える人や複数の勤務先がある人などは対象外になる場合があります。個別の判断は税務署に確認してください。

• 保険料控除証明書を紛失した場合はどうすればいいですか。

  保険会社に連絡して再発行を依頼できますが、日数がかかることがあります。気づいた時点ですぐに連絡してもらうよう、早めに案内しておくと安心です。

• 年の途中で退職した従業員の年末調整はどうなりますか。

  原則として年末調整の対象にはならず、退職時に源泉徴収票を発行する対応になります。詳しい取り扱いは税理士や税務署に確認してください。

• 年末調整と確定申告はどちらも必要ですか。

  年末調整で精算が完結する人は確定申告が不要な場合が多いですが、副業収入がある人や住宅ローン控除の初年度の人などは確定申告が必要になることがあります。

• 自社で対応するか外注するかは、何を基準に決めればいいですか。

  従業員数や担当者の確保できる時間、繁忙期に他の業務へ影響が出ないかを基準に検討します。判断の考え方は給与計算を外注するかの記事で詳しく扱っています。